Q: 目前常用的预测 miR 的靶基因的工具网站有哪些？
A：miRWalk、TargetScan、DIANA-microT、MicroCosm、miRDB、miRanda、PITA。其中 TargetScan 及 PITA 不支持大鼠。
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Q：miRNA 测序+
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Q：全基因组 Bisulfite 甲基化测序（WGBS）+
Q：WGBS 的材料与方法
A：【查看】
Q：在植物种应用 WGBS 技术的典型文献
A：高粱 【查看】
拟南芥 【查看】
Q：全基因组甲基化测序（WGBS）的低限 DNA 起始量需要多少？
A：1ug，纯化后 3ug。
Q：FFPE 样本可以做 WGBS 吗？
A：不建议，如果起始量足够可以尝试。
Q：WGBS 的特点是什么？
A：全基因组覆盖，得到更多 CpG 位点信息，还能获得 CHG、CHH 位点的甲基化信息。
Q：WGBS 适用于什么物种？
A：只有有参考基因组的物种都可以做 WGBS，非常适合于基因组较小的植物。
Q：WGBS 建议测序数据量是多少？
A：通常建议测基因组大小 *30 的数据量，比如人的参考基因大小为 3G, 建议测序 90G.
Q：甲基化与表达的关联分析可以做吗？
A：可以，太阳成集团积累了许多相关经验，还可以将甲基化与 mRNA、lncRNA 分别进行关联分析。可参考附件。【查看】
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Q：de novo 转录组测序+
Q：de novo 测序的主要技术参数有哪些？
A：样本类型：total RNA
样本总量：>=2 μg
样本浓度：>=50 ng/ul
推荐数据量：>=6 Gb/ 样本 -
Q：染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）+
Q：ChIP-seq 的低限 DNA 起始量需要多少？
A：1ng，纯化后 30ng。
Q：IP 下的 DNA 片段过长（珠峰在 2000bp~4000bp 之间）对实验结果有影响吗？
A：片段过长可能与蛋白本身结合的 DNA 片段就偏大有关，就太阳成集团已做的 ChIP-seq 项目经验来看，片段过长对后续结果分析是不会有影响的。后续建库会对大片段 DNA 进行再次打断至 300 bp。
Q：chip 的对照怎么选择？input IGg 做吗？
A：input 对照，Input 对照不仅可以验证染色质断裂的效果，还可以根据 Input 中的靶序列的含量以及染色质沉淀中的靶序列的含量，按照取样比例换算出 ChIP 的效率。
阳性对照，一般用 anti-RNA Polymerase II 抗体（阳性抗体），RNA Polymerase II 是通用转录因子，在所有细胞中都能结合基因（为了保证阳性对照有效，一般选择阳性对照的引物是根据管家基因设计的）的核心启动子区，因此，理论上 ChIP 后 PCR 都会有条带。
阴性对照，用普通的 IgG 做为阴性抗体，理论上不会 ChIP 下来任何 DNA 片段，但是由于非特异结合，或者实验过程中没发生结合的 DNA 清除不完全，可能也会出现比较浅的条带。
一个完整的 ChIP-seq 数据通常应该包含 input 对照或阴性对照，一般推荐好的有 input 对照。
Q：太阳成集团客户使用太阳成集团提供 ChIP-seq 服务发表高分的文章？
A：【查看】
Q：ChIP-seq 的高级分析有哪些？
A：【查看】
Q：ChIP-seq 的材料与方法
A：【查看】
Q：IGV 的使用教程
A：【查看】
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Q：表观遗传学+
Q：表观遗传学的高级分析内容有哪些？
A：【查看】 -
Q：目标区域重测序+
Q：目标区域重测序有物种限制吗？
A：基于超高重 PCR 的扩增目标区域后重测序，可以针对连续区段、外显子靶标以及客户指定区域，特异性设计扩增引物，经过引物优化及修饰，多重 PCR 一次性捕获所有位点。只要有参考序列即可，没有物种限制。
Q：目标区域重测序技术参数？
A：
Q：目标区域重测序的样本要求？
A：基因组 DNA，要求：DNA 浓度≥40ng/ul，体积 >20ul。纯度 OD260/OD280 在 1.8～2.0 之间。
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Q：CNV 芯片+
Q：CytoScan CNV 芯片的低限 DNA 起始量需要多少？
A：500ng。DNA 浓度不低于 55ng/μl，OD 260/280 值应在 1.7～2.0 之间，A260/A230 > 1.5；RNA 应该去除干净；不含有其它个体或其它物种的 DNA 污染。
Q：OncoScan CNV 芯片的低限 DNA 起始量需要多少？
A：DNA Qubit 定量满足大于 80ng，弥散带在 500bp 左右，并且无明显污染即可。如提供 FFPE，需提供切片厚度为 10μm 左右的 FFPE 切片 10 片左右。如保存年限太久、保存不当、组织过少时，DNA 电泳可能无法看到明显条带。
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Q：mRNA 测序+
Q：mRNA 测序推荐测序量多少？
A：推荐测序数据量至少为 6G。
Q：请提供物种拉丁名，真菌和细菌还需要 菌株号。
A：例如：Mycobacterium tuberculosis H37Rv。
Q：FPKM 的大小如何衡量？
A：一般认为 FPKM>1 是基因表达的，这个阈值是主流杂志推荐的；如果做 qPCR 验证，建议 FPKM>10。
Q：样品间的相关性如何评价？
A：用相关系数和 PCA，组内样本间的相关性应明显大于组间的相关性，才是比较成功的实验设计，差异基因会比较多。
Q：没有生物学重复 被审稿人 argue 怎么办？
A：（1）正面回答审稿人问题，不要企图回避；
（2）建议你把与结论重要的相关基因进行 qPCR 验证一遍，用数据说话：“虽然没有重复，但 qPCR 的结果支持测序结果；
（3）去数据库查找类似的研究数据来支持结论。
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